مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد در تاریخ ۱۳۸۹/۱۱/۱۶ تأسیس و در تاریخ ۱۳۹۳/۱۲/۲۵ به تصویب شورای گسترش آموزش عالی کشور رسید. این مرکز با کسب موافقت اصولی از سال ۱۳۹۵ به عنوان یکی از زیرمجموعه‌های پژوهشکده علوم پایه سلامت فعالیت خود را آغاز کرد. این مرکز با هدف توسعه همه جانبه تحقیقات در تمام حوزه‌های علوم پزشکی خصوصا بیماری‌های متابولیک، سرطان و بیمار‌ی‌‌‌های قلبی و عروقی در سطح جامعه فعالیت می‌کند. در همین راستا تلاش بر آن است تا با بهره‌گیری از امکانات موجود، کیفیت و کمیت تحقیقات به گونه‌ای ارتقا یابد که سهم مؤثری در تولید علم و بهبود سلامت جامعه ایفا شود. زمینه‌های اصلی تحقیقاتی این مرکز شامل موارد زیر است: بررسی‌های سلولی و مولکولی بیماری‌های قلبی- عروقی، متابولیک، سرطانی و خود‌ایمنی، انجام مطالعات شبیه‌سازی بر روی بیوملکول‌های دخیل در فرآیند سرطان، طراحی و شبیه‌سازی واکسن‌های چند اپی‌توپی در درمان بیماری‌های عفونی، بررسی مقاومت آنتی‌بیوتیکی در بیماری‌های عفونی و نیز تهیه و ارزیابی انواع نانو‌ذرات.